L'AGPP est dirigée par un Conseil d'Administration dont les membres sont élus pour six ans par l'Assemblée Générale de l'Association. Le Conseil est renouvelé par moitié tous les trois ans. Un Bureau est élu par le Conseil d'Administration.
Le Conseil d'Administration se réunit régulièrement (au moins une fois par mois) et organise toutes les activités : fixation des dates et lieux de réunions, invitations des personnalités dont la visite est souhaitée, mise en place des réunions statutaires, gestion courante de l'association, examen des demandes d'adhésion, etc..